元和元年丙戌年，也就是公元806年。
春季，正月初一，宪宗率领文武百官前往兴庆宫，为太上皇（唐顺宗）奉上尊号。
正月初二，大赦天下，改年号为元和。
正月初六，任命鄂岳观察使韩皋为奉义节度使。正月初八，任命奉义留后伊宥为安州刺史，兼任安州留后。伊宥是伊慎的儿子。正月十七日，加授成德节度使王士真同平章事（宰相衔，荣誉职位）。
正月十九日，太上皇在兴庆宫驾崩。
刘辟得到节度使的任命旌节之后，气焰更加嚣张，请求兼任三川（西川、东川、山南西道）节度使，宪宗没有批准。刘辟于是出兵，在梓州包围了东川节度使李康，打算任命自己的幕僚卢文若为东川节度使。推官（幕僚官职）莆田人林蕴极力劝阻刘辟起兵反叛，刘辟大怒，把他戴上刑具关进监狱；之后又把他拉出来，准备斩首，却暗中告诫行刑的人不要真的杀死他，只是多次用刀刃在他的脖子上磨划，想让他屈服后再赦免他。林蕴厉声呵斥道：“小子！要杀就杀，我的脖子难道是你的磨刀石吗！”刘辟看着身边的人说：“真是忠烈之士啊！”于是把林蕴贬为唐昌县尉。宪宗想讨伐刘辟，却又顾虑用兵的代价，朝中大臣议论时也认为蜀地地势险要、防守坚固，难以攻克。只有杜黄裳说：“刘辟不过是个狂妄愚蠢的书生，打败他易如反掌！我知道神策军使高崇文勇猛有谋略，可以任用，希望陛下把军事大权全权托付给他，不要设置监军（宦官监督军队），一定能活捉刘辟。”宪宗采纳了他的建议。翰林学士李吉甫也劝说宪宗讨伐蜀地，宪宗因此器重他。正月二十三日，任命左神策行营节度使高崇文率领五千步兵、骑兵为前军，神策京西行营兵马使李元奕率领两千步兵、骑兵为后军，与山南西道节度使严砺一同讨伐刘辟。当时，朝中资历深、名望高的老将有很多，都自认为会被选中讨伐蜀地，等到诏书任命高崇文时，众人都大为震惊。
宪宗和杜黄裳谈论藩镇问题，杜黄裳说：“德宗皇帝亲身经历过安史之乱后的忧患，凡事都一味姑息迁就，从不主动罢免节度使；有节度使去世的，先派遣宦官去考察军中将士愿意拥立的人，然后就授予那人节度使职位。宦官有时私下接受大将的贿赂，回来后就称赞那个人，朝廷随即就降下任命文书，从来没有从朝廷全局考虑任命节度使的意思。陛下如果想整顿朝纲、重振法纪，应该逐渐用法律制度约束藩镇，这样天下才能治理好。”宪宗深表赞同，于是开始出兵讨伐蜀地，后来连河北、河南的藩镇都受到威慑，这都是杜黄裳的提议引发的结果。
高崇文驻扎在长武城，训练了五千士兵，经常保持着临战状态，仿佛敌人随时会来进攻。他在卯时（清晨5-7点）接到诏书，辰时（上午7-9点）就率军出发，武器装备、粮草物资，一样都不短缺。正月二十九日，高崇文从斜谷出兵，李元奕从骆谷出兵，一同奔赴梓州。高崇文的军队到达兴元时，有士兵在旅店吃饭，折断了店主的勺子和筷子，高崇文立即将这名士兵斩首示众。
刘辟攻陷梓州，活捉了李康。二月，严砺攻克剑州，斩杀了剑州刺史文德昭。
奚王诲落可入朝觐见。二月初三，宪宗封诲落可为饶乐郡王，遣送他回国。
二月十九日，加授魏博节度使田季安同平章事。
二月二十四日，宪宗和宰相讨论：“自古以来的帝王，有的辛勤处理各种政务，有的清心寡欲、无为而治，两者各有得失，哪种做法才合适呢？”杜黄裳回答说：“君王上承天地和祖宗的使命，下要安抚百姓和四方外族，日夜忧虑操劳，本来就不能贪图安逸。但是君臣之间有分工，朝廷纲纪有秩序，如果能谨慎选拔天下贤才并托付重任，有功就奖赏，有罪就处罚，选拔任用公正无私，奖赏惩罚诚实守信，那么谁不会竭尽全力？想要的东西又有什么得不到呢！英明的君主在寻求人才上花费精力，在任用人才后就可以安逸，这就是虞舜能够实现‘无为而治’的原因。至于那些登记账簿、审理案件、管理市场之类的繁杂琐事，各自有相关部门负责，不是君主应该亲自处理的。过去秦始皇用秤称量每天批阅的奏章（形容政务繁重），魏明帝亲自到尚书省处理事务，隋文帝让卫士把饭送到办公处（日夜不停处理政务），这些做法对当时的治理都没有帮助，还被后世嘲笑。他们的耳目和身心确实非常辛劳，但所做的事情不符合治理天下的正道。君主的祸患在于不能推心置腹，臣子的祸患在于不能竭尽忠诚。如果君主怀疑臣子，臣子欺骗君主，想要实现天下大治，难道不是很难吗！”宪宗深深认同他的话。
三月初三，任命神策京西行营节度使范希朝为右金吾大将军。
高崇文率领军队从阆州奔赴梓州，刘辟的部将邢泚率军逃走，高崇文进入梓州驻扎。刘辟把李康交还给高崇文，想以此洗清自己的罪责，高崇文认为李康战败失守，将他斩首。三月十三日，严砺上奏说攻克梓州。三月十四日，宪宗下制书，削夺刘辟的官职和爵位。
起初，韩全义入朝，任命他的外甥杨惠琳主持夏绥留后事务。杜黄裳因为韩全义出兵征战没有功劳，还骄傲傲慢、不守法度，直接下令让他退休，任命右骁卫将军李演为夏绥节度使。杨惠琳率领士兵抗拒李演，上表声称“将士们逼迫我担任节度使”。河东节度使严绶上表请求讨伐杨惠琳。宪宗下诏让河东、天德军联合攻打杨惠琳，严绶派遣牙将（副将）阿跌光进和他的弟弟阿跌光颜率军前往。阿跌光原本是河曲步落稽族人，兄弟二人在河东军中都以勇敢闻名。三月十八日，夏州兵马使张承金斩杀杨惠琳，把他的首级传送到京城。东川节度使韦丹到达汉中，上表说：“高崇文率领外来军队长途征战，没有物资依靠。如果把梓州交给她，稳定军心，他一定能立下战功。”夏季，四月初五，任命高崇文为东川节度副使，主持节度使事务。
潘孟阳无论到哪里，都专门沉迷于游玩宴饮，随从仆人有三百人，还大量接受贿赂。宪宗听说后，四月十二日，任命潘孟阳为大理卿，罢免他的度支、盐铁转运副使职务。
四月十四日，朝廷举行制举考试（选拔特殊人才的考试），校书郎元稹、监察御史独孤郁、校书郎下邽人白居易、前进士萧俛、沈传师等人脱颖而出。独孤郁是独孤及的儿子，萧俛是萧华的孙子，沈传师是沈既济的儿子。
杜佑请求辞去财政赋税相关的职务，同时举荐兵部侍郎、度支使、盐铁转运副使李巽代替自己。四月十五日，加授杜佑为司徒，罢免他的盐铁转运使职务，任命李巽为度支、盐铁转运使。自从刘晏之后，担任财政赋税职务的人，没有一个能比得上他。李巽掌管财政一年，征收的赋税收入，和刘晏时期差不多；第二年就超过了刘晏；第三年又增加了一百八十万缗（古代货币单位）。
四月十六日，加授陇右经略使、秦州刺史刘澭为保义军节度使。
四月二十九日，任命元稹为右拾遗，独孤郁为左拾遗，白居易为盩厔尉、集贤校理，萧俛为右拾遗，沈传师为校书郎。
元稹上疏谈论谏官的职责，认为：“过去太宗皇帝任命王珪、魏征为谏官，无论游玩宴饮还是睡觉吃饭，谏官都不离左右；又命令三品以上官员入朝商议重大政务时，一定要派遣一名谏官跟随，来参与评判得失，所以天下治理得非常好。现在的谏官，地位高的不能被皇帝召见，地位中等的不能参与朝政，只是在朝廷排班列队，上朝拜见而已。近年来，正殿不再让官员上奏议事，百官也停止了轮流上奏答对，谏官能够履行职责的，只有在皇帝的诏令有不妥当时，呈上密封的奏章罢了。君臣之间，在事情还没有显露迹象时进行委婉劝说，在谋划时做到极为周密，尚且不能改变皇帝的心意，更何况是已经颁布的诏令、已经任命的官员，想要用短短一纸奏章收回皇帝的命令，确实是很难的。希望陛下时常在延英殿召见谏官答对，让他们把心里的想法全部说出来，怎么能把他们放在谏官的位置上，却又轻视疏远他们呢！”不久，元稹又上疏，认为：“天下安定或动乱的开端，一定有征兆。开放直言进谏的渠道，广泛听取意见，是安定的征兆；喜好阿谀奉承，被身边的人蒙蔽，是动乱的征兆。自古以来，君主即位之初，一定有敢于直言的人。如果君主接受他们的意见并奖赏他们，那么君子就会乐于践行正道，争相忠诚正直；小人也会贪图奖赏，不再做奸邪之事。这样一来，君臣之间的心意相通，偏远地方的民情也能上达，想要天下不安定都难！如果君主拒绝他们的意见并治罪，那么君子就会闭口不言、藏起才能以保全自身，小人就会迎合君主的心意来窃取职位。这样一来，即使是十步之内的事情，都能被欺骗，想要天下不动乱都难！过去太宗皇帝刚即位时，孙伏伽因为一件小事进谏，太宗很高兴，重重奖赏了他。所以在那个时候，上奏言事的人只担心自己的意见不够深刻，从不担心触犯忌讳。太宗难道喜欢违背自己的心意，厌恶顺从自己的欲望吗？实在是因为顺从欲望的快乐是渺小的，而危亡的祸患是巨大的。陛下即位到现在，已经一年了，还没有听说有谁得到过孙伏伽那样的奖赏。我们这些人身处谏官的职位，日复一日、年复一年，没有被召见的机会；每次上朝排班，都屏住呼吸、鞠躬行礼，不敢抬头看陛下，又怎么有时间议论朝政得失、提出可行或不可行的建议呢！供奉官（近臣）尚且如此，更何况是疏远的臣子呢！这大概是群臣因循守旧、不敢作为的罪过啊。”于是，元稹逐条上奏，请求让百官轮流答对、恢复正殿上奏议事、禁止不合时宜的贡献等十件事。
元稹又因为贞元年间王伾、王叔文凭借小技讨好东宫（太子住所），在永贞年间几乎扰乱天下，上书劝说宪宗早日挑选品行端正的人，让他们辅导各位皇子，认为：“太宗皇帝自己还是藩王时，就和十八位有文学修养、品行高洁的人交往。后代的太子、诸王，虽然也有属官，但这些属官日益被疏远、轻视，至于太子师傅这类官职，不是年老昏聩、身患残疾不能任职的人，就是退役的将军、不懂诗书的人担任。那些友谕、赞议之类的幕僚，更是闲散无用到了极点，士大夫都以担任这样的官职为耻辱。即使偶尔有年老的儒生担任这些职务，也是过了一个月、超了一段时间，才能见到太子、诸王一次，又怎么有时间用道德仁义教导他们，用法律制度约束他们呢！普通百姓疼爱自己的儿子，尚且知道寻找明智的老师来教导他，更何况是天子的后代，关系到天下的命运呢！”宪宗很赞赏并采纳了他的意见，时常召见他。
四月三十日，邵王李约去世。
五月十四日，任命横海留后程执恭为节度使。
五月十八日，尚书左丞、同平章事郑馀庆被罢免为太子宾客。
五月二十九日，尊奉太上皇后为皇太后。
刘辟修筑鹿头关，连接八个营寨，驻扎一万多名士兵来抵御高崇文。六月初六，高崇文击败了刘辟的军队。刘辟在鹿头关以东的万胜堆设置营寨。六月初七，高崇文派遣猛将范阳人高霞寓攻打并夺取了万胜堆，从这里可以俯瞰鹿头关全城，高霞寓连续八次作战都取得胜利。
加授卢龙节度使刘济兼任侍中。六月初八，加授平卢节度使李师古兼任侍中。
六月初九，高崇文在德阳击败刘辟的军队。六月十二日，又在汉州击败刘辟的军队。严砺派遣他的部将严秦，在绵州石碑谷击败刘辟一万多人的军队。
起初，李师古有个异母弟弟叫李师道，常年被疏远排斥在外地，难免贫困。李师古私下对自己亲近的人说：“我并不是不友爱师道，我十五岁就执掌节度使大权，自己遗憾不知道耕种收获的艰难。更何况师道比我还小几岁，我想让他知道衣食的来源，并且把州县的事务交给她处理，想来各位一定不会理解我的用意。”等到李师古病重时，李师道当时正在担任密州刺史，喜好绘画和吹觱篥（一种乐器）。李师古对判官高沐、李公度说：“趁我还没有昏迷，想问问你们。我死之后，你们打算拥立谁为节度使？”二人对视着没有回答。李师古说：“难道不是师道吗？人之常情，谁愿意疏远骨肉而亲近外人呢？只是如果拥立的节度使不合适，不仅会败坏军政，还会颠覆我们整个家族。师道是公侯的子孙，不致力于训练军队、治理百姓，专门学习小人的卑贱技艺，把这当作自己的才能，他真的能胜任节度使吗？希望各位慎重考虑！”闰六月初一，李师古去世。高沐、李公度隐瞒消息，不发布丧事，暗中从密州迎接李师道，拥立他为节度副使。
秋季，七月初三，高崇文在玄武击败刘辟一万多人的军队。七月初四，宪宗下诏：“所有增援西川的军队，全部听从高崇文的调度安排。”
七月十二日，将至德大圣大安孝皇帝（唐顺宗）安葬在丰陵，庙号为顺宗。
八月初三，册立妃子郭氏为贵妃。
八月初八，册立皇子李宁为邓王，李宽为澧王，李宥为遂王，李察为深王，李寰为洋王，李寮为绛王，李审为建王。
李师道掌管军务后，过了很久，朝廷的任命还没有到达。李师道和将领们商议，有人建议出兵掠夺周边地区。高沐坚决阻止，请求缴纳两税（唐朝主要赋税），申报官吏，推行盐法，派遣使者接连不断地向京城献上奏表。杜黄裳请求趁平卢镇局势未稳定，将其分割。宪宗因为刘辟还没有平定，八月初十，任命李师道为平卢留后，主持郓州事务。
堂后主书（中书省办事官员）滑涣在中书省任职很久，和知枢密（宦官首领）刘光琦勾结。宰相商议事情时，如果有和刘光琦意见不同的，刘光琦就让滑涣传达自己的意思，滑涣常常能满足刘光琦的要求，杜佑、郑絪等人都对他低声下气、好好相待。郑馀庆和各位宰相商议事情时，滑涣在旁边指手画脚、评判是非，郑馀庆愤怒地呵斥他。不久，郑馀庆就被罢免了宰相职务。各地向滑涣贿赂财物的事情没有一天停止，中书舍人李吉甫上奏说滑涣专权放纵，请求罢免他。宪宗命令宰相关闭中书省的四门，进行搜查，查获了滑涣所有的奸邪证据。九月十一日，将滑涣贬为雷州司户，不久又赐他自杀。查抄他的家产，总共达数千万缗。
九月十二日，高崇文又在鹿头关击败刘辟的军队，严秦在神泉击败刘辟的军队。河东将领阿跌光颜率领军队前往行营与高崇文会合，迟到了一天，担心被处死，想深入敌军立功赎罪，于是在鹿头关以西驻扎，切断了刘辟军队的粮道，鹿头关城中的守军忧虑恐惧。于是，刘辟的绵江栅守将李文悦、鹿头关守将仇良辅，都献出城池向高崇文投降。官军活捉了刘辟的女婿苏强，投降的士兵数以万计。高崇文于是率军长驱直入，直奔成都，所到之处，刘辟的军队纷纷崩溃，官军没有停留。九月二十一日，攻克成都。刘辟、卢文若率领几十名骑兵向西逃往吐蕃，高崇文派遣高霞寓等人追击，在羊灌田追上了他们。刘辟跳入江中，没有淹死，被活捉。卢文若先杀死自己的妻子儿女，然后系上石头沉入江中。高崇文进入成都后，驻扎在四通八达的大街上，让士兵休息，集市店铺没有受到惊扰，城中珍宝堆积如山，官军秋毫无犯，用囚车把刘辟押送到京城。斩杀了刘辟的大将邢泚、馆驿巡官沈衍，其余的人一概不追究。军府的事务无论大小，高崇文都下令一律遵循韦皋（前西川节度使）过去的做法，从容指挥调度，整个西川地区都平定了。
起初，韦皋任命西山运粮使崔从主持邛州事务，刘辟反叛后，崔从写信劝阻刘辟；刘辟出兵攻打邛州，崔从环城坚守；刘辟战败后，崔从才得以幸免。崔从是崔融的曾孙。
韦皋的幕僚房式、韦乾度、独孤密、符载、郗士美、段文昌等人，穿着白色丧服、踩着麻鞋，口衔泥土（古代请罪的方式）前来请罪。高崇文全部赦免了他们，并且以礼相待，起草奏表举荐房式等人，还赠送了丰厚的财物，遣送他们离开。高崇文看着段文昌说：“你将来一定能担任将相，我不敢贸然举荐你。”符载是庐山人，房式是房琯的侄子，段文昌是段志玄的玄孙。
刘辟有两个小妾，都长得非常美丽，监军请求把她们献给宪宗，高崇文说：“天子命令我讨伐平定叛乱的逆贼，应当以安抚百姓为先，仓促献上妇人来讨好天子，难道是天子的本意吗！我高崇文坚守道义，绝不做这样的事。”于是把这两个小妾许配给了没有妻子的将领和官吏。
杜黄裳建议征伐蜀地，以及传授给高崇文的用兵策略，都与实际情况完全契合。高崇文向来忌惮刘澭，杜黄裳派人对他说：“如果不能立下战功，就派刘澭来取代你。”因此高崇文能拼尽全力效命。等到蜀地平定后，宰相入朝庆贺，皇上看着杜黄裳说：“这是你的功劳啊！”
辛巳日，皇上下诏征召少室山隐士李渤担任左拾遗。李渤称病推辞，不肯赴任，但每当朝廷政事存在过失时，他总会附上奏疏陈述自己的见解。
冬季十月甲子日，易定节度使张茂昭入京朝见。
皇上下令划出资、简、陵、荣、昌、泸六个州，隶属于东川。房式等人还没抵达京城，就都被任命为尚书省、寺监的官员。丙寅日，任命高崇文为西川节度使。戊辰日，任命严砺为东川节度使。庚午日，任命将作监柳晟为山南西道节度使。柳晟抵达汉中时，府兵讨伐刘辟刚回来，还没进城，朝廷又下诏派他们去戍守梓州，士兵们既怨恨又愤怒，胁迫监军，图谋发动叛乱。柳晟得知后，迅速骑马进城，慰问犒劳士兵，接着问道：“你们是靠什么立下功劳的？”士兵们回答说：“是诛杀了反叛的刘辟啊。”柳晟说：“刘辟因为不接受朝廷诏命，所以你们才得以立功，怎么能再让别人诛杀你们来立功呢？”众人都跪拜谢罪，遵照诏书前往戍守之地。军府因此得以安定。壬午日，任命平卢留后李师道为节度使。
戊子日，刘辟被押送到长安，连同他的宗族党羽一起被处死。
武宁节度使张愔身患疾病，上奏表请求派人接替自己的职位。十一月戊申日，朝廷征召张愔担任工部尚书，任命东都留守王绍接替他，同时把濠、泗二州重新划归武宁军管辖。徐州百姓因得到两个州而欣喜，所以没有发生动乱。
丙辰日，任命内常侍吐突承璀为左神策中尉。吐突承璀早在皇上还是太子时就侍奉他，凭借干练机敏得到宠幸。
这一年，回鹘前来进贡，首次带着摩尼教僧人一同前来，朝廷在中原地区修建寺庙安置他们。摩尼教的规矩是到傍晚才吃饭，只吃荤食，不吃奶和奶酪。回鹘人信奉摩尼教，可汗有时会和摩尼教僧人商议国家大事。
元和二年（丁亥年，公元807年）
春季正月辛卯日，皇上到圆丘祭祀天地，大赦天下。
皇上因杜佑年事已高、品德厚重，对他以礼相待，常常称呼他为司徒，而不直呼其名。杜佑因年老多病，请求辞官退休。皇上下诏允许杜佑每月入朝觐见不超过两三次，入朝时便到中书省商议国家大政，其他时间任凭他回到樊川休养。
门下侍郎、同平章事杜黄裳，具备经国济世的雄才大略，但不拘小节，所以没能长期担任宰相。乙巳日，朝廷任命杜黄裳为同平章事，充任河中、晋、绛、慈、隰节度使。己酉日，任命户部侍郎武元衡为门下侍郎，翰林学士李吉甫为中书侍郎，二人都担任同平章事。李吉甫得知任命后感动落泪，对中书舍人裴垍说：“我流落在江淮地区，超过十五年，如今承蒙皇恩得到这样的职位。想要报答皇上的恩德，唯有举荐贤能之人，但朝廷中的后辈官员，我很少有机会结交认识，你有精准的识人眼光，希望能把他们的情况都告诉我。”裴垍拿起笔，列出三十多人的名单，短短几个月内，这些人大多被选拔任用。当时人们一致称赞李吉甫善于选拔人才。
二月癸酉日，邕州上报击败黄贼，俘获他们的首领黄承庆。
夏季四月甲子日，任命右金吾大将军范希朝为朔方、灵、盐节度使，将右神策军、盐州、定远的兵马划归他统领，以此革除以往的弊端，重视边将的作用。
秋季八月，刘济、王士真、张茂昭因私人恩怨产生争执，轮番上奏表请求朝廷惩处对方。戊寅日，任命给事中房式为幽州、成德、义武宣慰使，调解他们的矛盾。
九月乙酉日，密王李绸去世。
夏州、蜀地平定之后，藩镇都惶恐不安，很多人请求入京朝见。镇海节度使李锜也内心不安，请求入朝，皇上批准了他的请求。派遣宦官前往京口安抚慰问他，并且犒劳他的将士。李锜虽然任命判官王澹为留后，实际上却没有入朝的打算，屡次拖延出发日期，王澹和朝廷派来的宦官多次劝说他。李锜很不高兴，上奏表称自己患病，请求等到年底再入朝。皇上就此询问宰相的意见，武元衡说：“陛下刚执掌朝政，李锜请求入朝就批准他入朝，请求暂缓就允许他暂缓，去留都由李锜说了算，陛下拿什么号令天下呢！”皇上认为他说得对，下诏征召李锜入朝。李锜的阴谋败露，于是起兵谋反。王澹执掌留后事务后，在军府中推行了不少制度举措，李锜更加愤愤不平，暗中指使亲兵杀掉王澹。恰逢朝廷发放冬季的服装，李锜全副武装坐在帐幕中，王澹和宦官进来拜见，有数百名士兵在庭院中鼓噪道：“王澹是什么人，竟敢擅自主持军务！”将他拖下堂，切成碎肉吃掉；大将赵琦出来安抚制止，也被切成碎肉吃掉；士兵们把刀架在宦官的脖子上，辱骂他，准备杀掉他。李锜假装受惊，起身救下宦官。
冬季十月己未日，皇上下诏征召李锜担任左仆射，任命御史大夫李元素为镇海节度使。庚申日，李锜上奏表声称军中发生兵变，杀死了留后和大将。在此之前，李锜挑选了五名心腹担任他所管辖的五个州的镇将，姚志安驻守苏州，李深驻守常州，赵惟忠驻守湖州，丘自昌驻守杭州，高肃驻守睦州，每人统领数千兵马，负责监视刺史的一举一动。到这时，李锜命令他们各自杀掉当地刺史，派遣牙将庾伯良率领三千兵马修筑石头城。常州刺史颜防采纳门客李云的计策，假传朝廷诏令，自称招讨副使，斩杀李深，向苏州、杭州、湖州、睦州发布檄文，请求一同进军讨伐李锜。湖州刺史辛秘暗中招募了数百名乡里子弟，趁夜袭击赵惟忠的军营，将他斩杀。苏州刺史李素被姚志安击败，活捉后押送给李锜，李锜给李素戴上镣铐，钉在船舷上，还没抵达京口，恰逢李锜兵败，李素才得以幸免。乙丑日，皇上下令削去李锜的官职爵位以及宗室属籍。任命淮南节度使王锷统领各道兵马，担任招讨处置使，征召宣武、义宁、武昌的兵马，连同淮南、宣歙的兵马一起从宣州出兵，江西的兵马从信州出兵，浙东的兵马从杭州出兵，讨伐李锜。
高崇文在蜀地任职满一年，有一天他对监军说：“我高崇文原本是河朔地区的一名士兵，侥幸立下战功，才升到现在的职位。西川是宰相们来回任职历练的地方，我占据这个职位已经很久了，怎敢心安理得呢！”他屡次上奏表称“蜀地安定闲适，没有地方可以施展自己的力量，希望能前往边疆为国效死”。皇上想要挑选一个能够接替高崇文的人，却很难找到合适的人选。丁卯日，任命门下侍郎、同平章事武元衡为同平章事，充任西川节度使。
李锜认为宣州物产丰富，想要先攻取此地，派遣兵马使张子良、李奉仙、田少卿率领三千兵马袭击宣州。三人知道李锜必然会失败，便和牙将裴行立共同谋划讨伐李锜。裴行立是李锜的外甥，所以完全了解李锜的密谋。三位将领在城外安营扎寨，即将出发时，召集士兵们晓谕道：“李仆射谋反叛逆，朝廷的官军从四面八方汇集而来，常州、湖州的两位镇将接连被杀，他的势力已经穷途末路了。现在他竟然想让我们长途跋涉攻取宣州，我们为什么要跟随他遭受灭族之灾呢！不如脱离叛逆，归顺朝廷，转祸为福啊！”众人都很高兴，答应下来，当天夜里就率军返回，直奔城池。裴行立在城内点燃火把，擂鼓呐喊，接应他们，率领士兵冲向节度使的牙门。李锜得知张子良等人起兵，大怒，又听说裴行立也起兵响应，捶着胸口说：“我还有什么指望呢！”他光着脚逃跑，躲藏到楼下。亲信将领李钧率领三百名强弩手赶赴山亭，想要抵抗，裴行立埋伏的士兵拦击，斩杀了李钧。李锜全家都痛哭流涕，身边的人抓住李锜，用帐幕裹住他，用绳索把他缒到城下，戴上刑具押送到京城。李锜的强弩手、蕃落兵争相自杀，尸体堆积如山。癸酉日，镇海军将此事上报朝廷。乙亥日，群臣在紫宸殿向皇上庆贺。皇上神情严肃地说：“是我没有德行，导致天下屡次出现违反法纪的人，这是我的惭愧之处，有什么值得庆贺的呢！”
宰相们商议要诛杀李锜服丧期为九个月的亲属，兵部郎中蒋乂说：“李锜的这些亲属，都是淮安靖王李神通的后代。淮安靖王有辅佐太祖、太宗平定天下的功劳，灵位陪葬在皇陵，牌位供奉在太庙，怎么能因为后代子孙作恶而连累他呢！”宰相们又想诛杀李锜的兄弟，蒋乂说：“李锜的兄弟，是已故都统李国贞的儿子，李国贞为朝廷战死，难道能让他断了香火吗！”宰相们认为他说得有道理。辛巳日，李锜的堂弟、宋州刺史李銛等人都被贬官流放。
十一月甲申朔日，李锜被押送到长安，皇上亲临兴安门，当面责问他。李锜回答说：“我起初并没有谋反，是张子良等人教唆我的。”皇上说：“你身为元帅，张子良等人谋反，你为什么不斩杀他们，然后再入朝觐见呢！”李锜无话可说。于是皇上下令将李锜连同他的儿子李师回一起腰斩处死。
有关部门请求拆毁李锜祖先的坟墓和家庙，御史中丞卢坦上奏说：“李锜父子已经被处死，他们的罪责已经抵偿了。从前汉朝诛杀霍禹，没有牵连到霍光；本朝诛杀房遗爱，没有牵连到房玄龄。《尚书·康诰》说：‘父子兄弟，犯罪互不牵连。’难道能因为李锜作恶，就牵连到他的五代祖先吗？”皇上于是下令不拆毁李锜的祖墓和家庙。
有关部门登记没收李锜的家产，准备运送到京城。翰林学士裴垍、李绛上奏说：“李锜奢侈过度，搜刮六个州百姓的财富来使自己的家族富裕，有的甚至残害百姓的性命来掠夺他们的财产。陛下怜悯百姓无处申诉，所以才出兵讨伐并诛杀了他，如今却把搜刮来的金银布帛装载到车上运往京城，恐怕会让天下人失望。希望能把叛逆之人的资产赏赐给浙西的百姓，用来代替他们今年的租税。”皇上赞叹了很久，当即采纳了他们的建议。
昭义节度使卢从史，暗中与王士真、刘济相互勾结，表面上却向朝廷献策，请求谋取太行山以东的地区，还擅自率领军队向东出兵。皇上召见他，命令他返回上党，卢从史借口要到邢州、洺州获取粮草，没有按时接受诏令。过了很久，他才返回上党。
有一天，皇上在浴堂殿召见李绛应对，对他说：“有一件极为异常的事情，我近来一直不想说。我和郑絪商议，下令让卢从史返回上党，接着征召他入朝。郑絪竟然把这件事泄露给了卢从史，让他声称上党缺乏粮草，要到太行山以东获取粮食。身为臣子，竟然如此辜负我，我该如何处置他呢？”李绛回答说：“如果确实是这样，那么郑絪就算被灭族也不足以抵偿他的罪责！但是郑絪和卢从史肯定不会自己说出来，陛下是从谁那里得知这件事的呢？”皇上说：“是李吉甫秘密上奏的。”李绛说：“我私下里听到士大夫们的议论，都称赞郑絪是贤能之人，恐怕事情未必是这样。或许是同僚想要独揽朝政，嫉妒郑絪得到宠幸，地位在自己之上，希望陛下能再仔细考察这件事，不要让别人说陛下听信谗言啊！”皇上沉默了很久，说：“确实是这样，郑絪肯定不会做出这种事。如果不是你这番话，我差点就做出错误的处置了。”皇上还曾从容地问李绛：“谏官们大多毁谤讥讽朝政，所说的事情都不符合实际情况，我想贬谪其中一两个特别过分的人，来警示其他人，你觉得怎么样？”李绛回答说：“这恐怕不是陛下的本意，一定是有奸邪的臣子想要堵塞蒙蔽陛下的视听。臣子的生死，取决于君主的喜怒，有几个人敢开口进谏呢！即使有进谏的人，也都是白天揣摩、夜晚思考，早上删减、晚上修改，等到奏疏呈上，十成内容里剩下的还不到两三成。所以君主不辞辛劳地寻求谏言，还担心听不到真话，更何况还要降罪于进谏的人呢！这样做会堵住天下人的嘴，并非国家的福气啊。”皇上认为他说得有道理，于是打消了贬谪谏官的念头。
群臣请求给皇上上尊号为睿圣文武皇帝，丙申日，皇上准许了。
盩厔县尉、集贤校理白居易作乐府诗和古诗一百多篇，劝谏时事，流传到皇宫里。皇上看了很赞赏，召他进翰林院当学士。
十二月丙辰日，皇上对宰相说：“太宗凭着圣明资质，群臣进谏还得反复好几次，何况我愚昧浅陋。今后事情有不妥，你们要进谏十次，别只说一两回就罢手。”
丙寅日，任命高崇文为同平章事，兼任邠宁节度使、京西诸军都统。
山南东道节度使于頔畏惧皇上英武，为儿子于季友求娶公主。皇上把皇女普宁公主嫁给了他。翰林学士李绛劝谏：“于頔是外族后裔，于季友是妾生的庶子，配不上公主，该选名门贤才联姻。”皇上说：“这你就不懂了。”己卯日，公主嫁给于季友，礼遇格外隆重。于頔喜出望外，特别高兴。不久，皇上派人委婉劝他入朝谢恩，于頔就遵诏入京了。
这一年，李吉甫撰写《元和国计簿》上奏，总计天下有48个藩镇、295个州府、1453个县。其中凤翔、鄜坊等15道71州不申报户口，每年赋税全靠浙江东西、宣歙等8道49州支撑，共144万户，比天宝年间纳税户数少了四分之三。全国靠朝廷供养的士兵有83万多人，比天宝年间多三分之一，大概两户百姓养一个兵。至于水旱灾害损失、临时征调的开销，还不算在内。
元和三年（戊子，公元808年）
春正月癸巳日，群臣为皇上奉上睿圣文武皇帝尊号，大赦天下。诏令“从今以后地方官进京，不准进贡财物”。知枢密刘光琦上奏要派宦官送赦书到各道，想趁机捞取馈赠；翰林学士裴垍、李绛反驳“宦官去了必扰民，不如走加急驿递”，皇上采纳。刘光琦搬出旧例，皇上说：“对的旧例就遵，不对的为啥不改！”
临泾镇将郝泚认为临泾地势险要、水草丰美，吐蕃入侵必在此驻军，就禀报泾原节度使段佑，上奏朝廷筑城。从此泾原一带得以安定。
二月戊寅日，咸安大长公主在回鹘去世。三月，回鹘腾里可汗去世。
癸巳日，郇王李总去世。
辛亥日，御史中丞卢坦弹劾前山南西道节度使柳晟、前浙东观察使阎济美违背赦令进贡。皇上召见卢坦慰问，却说“我已赦免他们，不能失信”。卢坦直言：“赦令布告全国是陛下大信，柳晟等人无视国法，怎能顾小信弃大信！”皇上于是下令把贡品交给有关部门。
夏四月，皇上举行贤良方正直言极谏科策试。伊阙尉牛僧孺、陆浑尉皇甫湜、前科进士李宗闵，直言指陈朝政过失毫无避讳。户部侍郎杨於陵、吏部员外郎韦贯之任考官，将三人列为优等。皇上也赞许他们，乙丑日诏令中书省择优任用。
宰相李吉甫痛恨他们言辞耿直，哭着向皇上告状，还说“裴垍、王涯复核考卷，皇甫湜是王涯外甥，王涯不提前说明，裴垍也没异议”。皇上不得已，罢免裴垍、王涯翰林学士之职，裴垍改任户部侍郎，王涯改任都官员外郎，韦贯之贬为果州刺史。几天后，韦贯之又贬巴州刺史，王涯贬虢州司马。乙亥日，杨於陵也因阅卷无异议，调任岭南节度使。牛僧孺等人长期得不到调任，都接受藩镇征召任职。
（注：牛僧孺是牛弘七世孙，李宗闵是李元懿玄孙，韦贯之是韦福嗣六世孙，皇甫湜是睦州新安人）
丁丑日，朝廷废除五月初一在宣政殿举行朝贺的制度。
任命荆南节度使裴均为右仆射。裴均向来依附宦官显贵，做了仆射便骄傲自大，入朝时曾越位站立。御史中丞卢坦示意他退回原位，他不肯。卢坦说：“从前姚南仲任仆射时从不敢这样。”（原文此处有脱漏）
戊戌日，中书侍郎、同平章事李吉甫，以同平章事身份兼任淮南节度使。
河中、晋绛节度使、邠宣公杜黄裳去世。
冬十二月庚戌日，朝廷在临泾设置行原州，任命镇将郝泚为刺史。
南诏王异牟寻去世，儿子寻阁劝继位。
元和四年（己丑，公元809年）
春正月戊子日，简王李遘去世。
渤海康王大嵩璘去世，儿子大元瑜继位，改年号为永德。
南方遭遇旱灾饥荒，庚寅日，皇上命左司郎中郑敬等人担任江淮、两浙、荆湖、襄鄂等地宣慰使赈灾。临行前皇上告诫：“我宫里用一匹绢都要记账，唯独救济百姓绝不计较花费。你们要懂我的心意，别学潘孟阳只知饮酒游山！”
给事中李藩在门下省任职，遇到不妥的诏令，就直接在黄纸诏令背面批注。下属请他另附白纸，李藩说：“附白纸就成了奏章，还叫什么批敕！”裴垍举荐李藩有宰相之才。皇上嫌门下侍郎、同平章事郑絪遇事敷衍、只会讨好，二月丁卯日，罢免郑絪为太子宾客，提拔李藩为门下侍郎、同平章事。李藩知无不言，皇上十分器重他。
河东节度使严绶在任九年，军政人事全由监军李辅光做主，自己只拱手不管。裴垍上奏实情，请求让李鄘接替。三月乙酉日，任命严绶为左仆射，凤翔节度使李鄘为河东节度使。
成德节度使王士真去世，他的副大使儿子王承宗自行继任留后。河北三镇向来惯例：都设副大使，由嫡长子担任，父亲去世就接管军务。
皇上因久旱想降恩诏，翰林学士李绛、白居易上奏：“要让百姓得实惠，不如减免租税；宫女数量太多该裁减省开支；禁止各道横征暴敛充进贡；岭南、黔中、福建常有掠卖良人为奴，要严令禁止。”闰三月己酉日，皇上下诏大赦囚犯、减免租税、放出宫女、杜绝进贡、禁止掠卖，全按二人建议施行。己未日，天降大雨。李绛上表庆贺：“这才明白，事前忧虑就能无忧，事到临头再愁就没用了。”
当初王叔文一党被贬后，皇诏规定即使遇赦也不准调迁。吏部尚书、盐铁转运使李巽上奏：“郴州司马程异有才干、处事明断，请求任扬子留后。”皇上准许。李巽督查严苛，下属哪怕在千里之外也像在他面前一样惶恐；程异核查账目比李巽还精细，最终得到重用。
魏征玄孙魏稠十分穷困，把祖宅抵押借钱。平卢节度使李师道请求用私财赎回，皇上命白居易起草诏书。白居易上奏：“这事关乎朝廷激励贤臣，该由朝廷出面。李师道算什么人，敢抢这份美名！请令官府用公款赎回还给其后人。”皇上采纳，从内库拿两千缗钱赎回祖宅赐给魏稠，还禁止再抵押售卖。
王承宗叔父王士则因王承宗擅自继位，怕祸及宗族，和幕客刘栖楚主动投奔京城。皇上下诏任命王士则为神策大将军。
翰林学士李绛等人上奏：“陛下登基四年，还没立太子、行册礼，这会引发旁人觊觎，违背社稷重慎之道。恳请陛下放下谦让小节，举行立储大典。”丁卯日，皇上下诏立长子邓王李宁为皇太子（李宁是纪美人所生）。
辛未日，灵盐节度使范希朝上奏，请求把太原六百防秋兵的粮草补给沙陀，皇上准许。
夏四月，山南东道节度使裴均仗着有宦官撑腰，在恩诏颁布后第一个进贡银器一千五百多两。翰林学士李绛、白居易等人上奏：“裴均是试探陛下，恳请拒收。”皇上立刻下令把银器交给度支。不久却下诏给进奏院：“今后各道进贡，不用申报御史台；有查问的，就上报姓名。”白居易再劝谏，皇上不听。
宪宗想要革除河北藩镇节度使职位世袭的弊端，趁着王士真去世的时机，打算由朝廷直接任命节度使，如果藩镇拒不服从，就调兵讨伐。裴垍进谏说：“李纳为人骄横跋扈，对朝廷向来不敬，而王武俊曾为国家立下功劳，陛下此前已经默许李师道世袭淄青节度使的职位，如今却要剥夺王承宗的继承权，这样做赏罚失据、违背常理，他必定不会心服。”因此，朝廷的商议许久都没有定论。宪宗又就此询问翰林学士们的意见，李绛等人回答道：“河北藩镇不遵朝廷的政令教化，天下之人谁不愤慨惋惜，然而要在当下收复他们，恐怕还难以实现。成德军自王武俊掌权以来，父子相承已经四十多年，当地军民早已习惯这种局面，不认为这是违背常理的事。何况王承宗已经总揽军中事务，骤然派人取代他，恐怕他不会立刻奉诏听命。另外，范阳、魏博、易定、淄青这些藩镇，也都是节度使职位父子、兄弟相传，与成德军是同一种情况，它们若是听说朝廷要在成德军任命新的节度使，必定会内心不安，暗中相互勾结、彼此援助。就算易定节度使张茂昭主动请求朝廷派人接管成德，恐怕也并非出于真心。这其中的缘由在于，现在朝廷派人取代王承宗，周边藩镇若是劝说王承宗服从朝廷，无论结果如何对它们都有好处：如果朝廷任命的人能够顺利到任，它们就可以自认为有功；如果朝廷的诏令无法施行，它们就趁机与王承宗暗中勾结。这种局面，对于朝廷的体统而言，岂能就此罢休！届时就必须调动大军从四面围攻讨伐，而那些藩镇的将帅会趁机索要官爵，士兵们会要求朝廷供给衣物粮草，他们按兵不动、坐观成败，将平叛的劳苦与军费的消耗，全部转嫁到国家身上。如今江淮地区遭受水灾，官府与百姓都穷困至极，出兵征伐的大事，实在不应该轻易提及啊。”左军中尉吐突承璀想要迎合宪宗的心意，夺取裴垍的权柄，便主动请求率军讨伐王承宗。宪宗仍犹豫不决，宗正少卿李拭上奏说：“王承宗必须予以讨伐。吐突承璀是陛下亲近信任的臣子，应当将禁军交付给他，让他统领各路大军，这样一来，谁敢不服朝廷！”宪宗把李拭的奏章拿给翰林学士们看，说道：“这是一个奸臣，他明知朕打算任命吐突承璀为统帅，所以才呈上这份奏章。你们记住他的名字，从今往后不要再让他得到提拔任用。”昭义节度使卢从史遭遇父亲去世的丧事，朝廷许久都没有起用他复职，卢从史心生畏惧，便通过吐突承璀劝说宪宗，请求调发昭义军讨伐王承宗。壬辰日，朝廷起复卢从史为左金吾大将军，其余官职照旧。
当初，平凉会盟的时候，副元帅判官路泌、会盟判官郑叔矩都被吐蕃扣押。后来吐蕃请求与唐朝议和，路泌的儿子路随三次前往皇宫，痛哭流涕地上书朝廷，恳请朝廷答应吐蕃的求和请求。德宗认为吐蕃向来狡诈多端，没有应允。到这时，吐蕃再次请求议和，路随又五次上书，还前往宰相的办公场所哭着恳请，裴垍、李藩也向宪宗进言，请求批准与吐蕃议和。宪宗听从了他们的建议。五月，朝廷任命祠部郎中徐复为使者，出使吐蕃。
六月，朝廷任命灵盐节度使范希朝为河东节度使。朝臣们商议认为，沙陀部落驻扎在灵武，地理位置与吐蕃邻近，担心他们反复无常，再加上沙陀部落人口众多，恐怕会导致粮食价格上涨，于是下令让沙陀部众全部跟随范希朝迁往河东。范希朝挑选其中骁勇善战的骑兵一千二百人，号称沙陀军，设置专门的将领来统领他们，而将其余的部众安置在定襄川。从此，沙陀首领朱邪执宜开始驻守神武川的黄花堆。
左军中尉吐突承璀兼任功德使，他大规模修建安国寺，还上奏请求为自己立一块圣德碑，碑的高度和大小全部仿照《华岳碑》的规格。他先修建好了碑楼，然后请求宪宗下令让翰林学士撰写碑文，并且说：“臣已经准备好一万缗钱，用来酬谢撰写碑文的人。”宪宗命令李绛撰写碑文，李绛上奏说：“唐尧、虞舜、夏禹、商汤，从来没有立碑夸耀自己的圣德，只有秦始皇在巡游经过的地方，刻石立碑，极力称颂自己的功绩，不知道陛下想要效仿谁！况且叙述修建寺庙的华美，不过是夸赞建筑壮丽、可供游览观赏，这哪里是用来彰显陛下圣德的方式啊！”宪宗看完奏章时，吐突承璀正好在身边，宪宗当即下令推倒碑楼。吐突承璀说：“碑楼非常高大，不能直接推倒，请允许臣慢慢拆毁。”他希望借此拖延时间，等待机会再次进言劝说。宪宗厉声说道：“多派些牛来，把它拉倒！”吐突承璀这才不敢再说话。最终动用了一百头牛，才将碑楼拉倒。