张献忠的行动模式变成了：避战、游击、就食（抢劫）、观望。他在等待时机，要么是官军与李自成两败俱伤，要么是朝廷给出足够诱人的招安条件，这种狡黠而务实的态度，使得他在这段时间如鱼得水，虽然局面不轻松，但核心骨干得以保存，并在混乱中缓慢恢复和壮大力量。
至于其他农民军势力，情况则更为分散和复杂：
曹操（罗汝才）：这位以狡诈多谋着称的首领，此时正活跃于河南西南部与湖广北部交界处。他与张献忠类似，采取流动战术，忽东忽西，让官军难以捕捉其主力。他同样对招安抱有复杂态度，既不完全相信，也不完全拒绝，与官军和与其他义军的关系都十分微妙，一切以利益和生存为首要目标。他是张献忠潜在的合作对象，也是竞争对手
老回回马守应：作为较早起义的首领之一，马守应主要活动于河南、湖广一带。他麾下多骑兵，机动性强，时常与其他各部联合行动，但也保持着自己的独立性。此时他可能正与罗汝才或豫南的其他小股义军相互呼应，袭扰官军粮道或防守薄弱的州县。
革里眼贺一龙、左金王贺锦等：这些绰号响亮的首领，大多属于第二梯队，实力不及张、李、罗，但也各有数千乃至上万的人马（真正能打的也就几百上千，不然明朝早亡了）。他们往往依附于大佬之间，或临时联合，或单独行动，在河南、南直隶、湖广的广大区域内流窜就食。他们的动向更加难以预测，加剧了各地混乱。
除此之外还有无数几十人至几百人不等的杆子、土寇，他们或是被击溃的大股义军残部，或是本地活不下去的农民自发结伙。他们如同蝗虫一般，扫荡乡里，时聚时散，进一步破坏了地方秩序，使得官军剿抚更加困难。
总结下来下来就是一个字——乱！官府这里杀一批，那里就冒出来三批，那里招安五批，这里就冒出来十批，剿都剿不完。这固然与明朝官员的腐败有关，但最根本的原因还是——大旱。
流寇肆虐、大旱成灾、匪患猖獗、军饷匮乏，大明的所有弊病皆如雪花般的奏折，纷纷飘向紫禁城崇祯的御案。
夜色已深，武英殿内却依旧灯火通明。
崇祯正埋头于堆积如山的奏疏之中，朱笔不时落下，发出沙沙的声响。他拿起下一份奏疏，是杨嗣昌送来的，崇祯精神稍振，杨嗣昌是他穿越过来第一个推心置腹任用的人，也是原来崇祯力排众议提拔的心腹，被寄予厚望，总揽剿贼全局，他的奏报至关重要。
然而越看，崇祯的眉头却皱得越紧。
奏疏的前半部分，杨嗣昌详细禀报了追剿张献忠、罗汝才等人的情况，言辞间虽不乏贼势渐蹙、屡有斩获等语句，但崇祯也能看出，剿匪进展缓慢，贼寇流动性极大，难以捕捉决战，但这早就在崇祯帝意料之中。
他皱的后半部分，杨嗣昌笔锋一转，开始痛陈剿贼不力的根源。他将矛头直指一批前线将领，言辞激烈地弹劾他们畏敌如虎、纵贼贻患、虚报战功、不听节制，名单长长一串，其中不乏一些颇有战功但非杨嗣昌嫡系的军官，杨嗣昌强烈要求皇帝对这些将领严加惩处，以正军法，以儆效尤。
看到这里，崇祯的指尖微微发凉。他深知军中确有积弊，但杨嗣昌此举，排除异己的意味太过明显。
而奏疏的最后部分，杨嗣昌又力荐了一批将领，认为他们忠勇可嘉、熟谙贼情、实心任事，请求崇祯予以擢升，委以重任，并附上了他希望调整的防区部署方案。
崇祯放下奏疏，揉了揉发胀的眉心，沉声道：“王承恩。”
司礼监太监王承恩如同影子般悄无声息地出现：“奴婢在。”
“去，将杨嗣昌所荐这批将领的履历档册，即刻调来朕看。”
“奴婢遵旨。”王承恩躬身退下，很快，几名太监抬着几口箱子进来，里面是兵部及相关衙门的档案。
崇祯挥退旁人，就着烛光，一份一份地仔细翻阅那些被杨嗣昌夸得天花乱坠的将领履历，越看他的脸色越是阴沉，心也一点点沉下去。
平平无奇！ 甚至可以说是乏善可陈！
多数人并无显赫战功，资历普通，甚至有些人的过往记录中还隐约可见怯战、失误的痕迹。他们唯一的共同点，似乎就是与杨嗣昌关系密切，或是其同乡，或是其旧部，或是有明显的投靠依附之迹，也可以说是杨嗣昌的——心腹。
“呵……”崇祯发出一声极轻的冷笑，他放下最后一份履历，靠在椅背上，闭上眼，只觉得一股难以言喻的倦意和厌烦涌上心头。
结党营私，排斥异己！国事艰难至此，然而就算如此，朝堂上的官员还想着争权夺利。
好在崇祯在经过王承恩的事件后便有了一些心理预期，如今杨嗣昌如此做法，崇祯也并没有太过寒心。
良久，崇祯睁开眼，他拿起朱笔在那份奏疏上批阅，却并非批准，而是重重地写下了“此事不急，暂缓议行，卿当以大局为重，督促诸将协力进剿，勿作他想。”
写罢，他沉声道：“传杨嗣昌。即刻进宫见朕。”
夜半召见，绝非寻常，约莫一个时辰后，杨嗣匆匆赶至武英殿，他官袍略显凌乱，脸上带着奔波之色，但更多的是一种疑惑。
“臣杨嗣昌，叩见陛下。”他跪倒在地，偷偷觑了一眼御案后的皇帝，心中忐忑。
崇祯没有让他起身，也没有看那份奏疏，只是沉默了片刻，而这沉默让杨嗣昌感到巨大的压力。
“文弱啊，”崇祯终于开口，用了杨嗣昌的表字，声音平淡得听不出喜怒，“你的奏疏，朕看过了。”
杨嗣昌心中稍定，连忙道：“臣愚钝，所陈之事，皆是为剿贼大业计，若有不当之处，请陛下圣裁。”