最终慕容冲下诏以慕容温为营造大使，全面主持洛阳新建修缮设计工作，不过对于新都却是不急于一时，天下尚未一统，洛阳还地处燕晋边界前沿。
东晋荆、雍、江、豫，叛军集团作乱时东晋朝堂上下自顾不暇，，燕国大量将领上书请战。
于是乎在乾元八年，慕容冲命令毛德祖、王仲德率领左右鹰扬卫分别从琅琊、梁郡南下。慕容德为征南大都督、慕容盛为副都督率领左豹韬卫（慕容盛）南下彭城。
目标占据整个淮北。
东晋早已经自顾不暇，淮北、彭城归王恭（青兖二州刺史、镇京口）管辖，刘牢之为其司马、领南彭城内史。随着叛乱发生王恭被杀刘牢之全面掌握北府兵权。
但是此刻彭城守将只是徐州刺史刘该，并且防御力量薄弱。
乾元八年中燕军饮马淮水。
刘牢之本是低级将领，一下子占据了王恭的显赫职位，众人都无法心悦诚服，刘牢之便重用心腹徐谦之等人以加强自己的势力。
当时，杨佺期、桓玄率部威逼京师，上表为王恭申辩，请求朝廷诛杀刘牢之。刘牢之率北府兵急速行军奔赴京师，驻扎在新亭一带。桓玄等人接受诏令从京师退兵，而刘牢之则回兵镇守京口。
刘牢之骤得北府大权，出身低微，旧部、世家将领皆不服，只能提拔徐谦之等心腹，内部离心；
桓玄、杨佺期借王恭之死，举荆雍大军兵临建康城外，上表要求诛杀刘牢之，与朝廷形成武力对峙；
司马元显无可靠京畿军队，只能依靠刘牢之北府兵制衡上游藩镇，被迫妥协安抚桓、杨，双方矛盾只暂时压下，裂痕无法弥合。
朝廷无力剿灭上游联军，只能分割荆、江、广三州安抚桓玄、殷仲堪、杨佺期，形成新上游三强鼎立：
桓玄：由广州刺史改任江州刺史，镇寻阳，掌控长江中游咽喉，分得大量荆南郡县；
殷仲堪：保留荆州刺史，但失去江州属地，势力收缩江陵；
杨佺期：提拔为雍州刺史，都督梁雍秦三州，镇襄阳，分割荆州北部兵权，制衡殷仲堪、桓玄；
京口：刘牢之代王恭，都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事，北府兵彻底脱离高门，寒门武将掌控下游最强兵力；
豫州：司马尚之接任豫州刺史，宗室收回历阳兵权，解决庾楷叛乱隐患。
荆、江、雍、豫四大军事集团互相猜忌、互相牵制，无一人愿意抽调兵力北上收复淮北，全部精力放在江东、荆州权力争夺上，淮北失地直接被东晋朝堂搁置，放弃收复。
叛乱虽平，但是裂痕已经埋下。
高门藩镇衰落，寒门武将崛起 太原王氏王恭败亡，京口北府从高门附庸转为寒门独立势力（刘牢之、刘裕等武将登上政治核心舞台），打破王、谢、桓、庾四大家族垄断兵权的格局。
桓氏势力全面复苏，埋下桓玄篡晋伏笔 桓玄获得江州重镇，掌控荆扬水路，同时拉拢杨佺期、分化殷仲堪.
门阀共治体系瓦解 原本士族共治、互相制衡的门阀政治崩溃，转向军阀藩镇争霸。
数月过后乾元九年，三吴震动。
会稽王世子司马元显，性情严苛刻薄，随意决断生杀；他征发东方各郡原本由奴婢赦免而来的依附佃户，称作 “乐属”，把他们迁移到京城，用来补充兵役，东部百姓全都骚动不堪，深受其苦。
孙恩趁着民心怨愤动荡，从海岛率领徒众击杀上虞县令，随即进攻会稽郡。会稽内史王凝之，是王羲之的儿子，他家世代信奉天师道。敌军打来时，他不调军队，也不布置防御，每天在道堂里磕头念咒。下属官员请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经祈求大道，借来数万鬼兵把守各处渡口要道，贼人不值得担忧。”
等到孙恩大军逼近，他才准许调兵，可孙恩已经兵临会稽城下。
甲寅日，孙恩攻克会稽，王凝之出城逃跑，被孙恩擒获杀害，他的几个儿子也一同被杀。
王凝之的妻子谢道韫，听闻贼兵杀来，举止镇定如常，吩咐婢女抬着轿子，自己拔刀出门，亲手斩杀好几人，之后才被叛军捉住。
吴国内史桓谦、临海太守新秦王崇、义兴太守魏隐全都丢下郡城逃走。这时会稽谢鍼、吴郡陆瑰、吴兴丘尪、义兴许充之、临海周胄、永嘉张永，以及东阳、新安一共八郡百姓，同时起兵，杀死本地官吏响应孙恩，十天之内，叛军达到几十万人。
吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人，都被孙恩的党羽杀害。谢邈、谢冲，都是谢安的侄子。当时三吴地区长久太平，百姓不熟悉作战，因此各郡县守军望见叛军就四散溃逃。
孙恩占据会稽，自封征东将军，逼迫当地士大夫担任自己的属官，称呼手下徒众为 “长生人”。百姓有不愿归顺他的，连婴儿孩童一同诛杀，遇害的人占到十分之七八。他把各县县令剁成肉酱，逼迫他们的妻儿吃下，不肯吃的，就肢解处死。
叛军所到之处劫掠财物，烧毁城郭房屋、粮仓府库，砍伐树木、填塞水井，裹挟百姓一同聚集到会稽；妇女带着幼儿无法随军逃亡的，叛军就把孩子扔进水里，说：“恭喜你先登上仙堂，我们随后就来与你相会。” 孙恩上表朝廷，罗列会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，要求朝廷诛杀二人。
自从晋安帝登基以来，朝廷内外势力分裂对峙：石头城以南地区都被荆州、江州藩镇掌控，石头城以西归豫州割据，京口与长江以北则由刘牢之和广陵相高雅之管辖，朝廷真正能直接管控的，只有三吴一带。
等到孙恩起兵作乱，八郡全部落入孙恩手中，京城周边各县，盗贼遍地兴起，孙恩的党羽还有潜伏在建康城内的，朝野人心惶恐不安，时常担心叛军暗中起事，于是全城内外紧急戒严。
……